Le groupe idéologique Humarise est convaincu que tous les humains dotés d'une bizarrerie sont malades et doivent être éradiqués. Afin de reconstruire le monde, les extrémistes du groupe ont fabriqué un dispositif mortel appelé "Trigger Bomb" qui fait perdre le contrôle aux personnes dotées de bizarreries et les fait mourir. Leur chef, Flect Turn, échappe à la capture des Pro Heroes déployés dans le monde entier. Au cours de son stage dans le pays d'Otheon avec le Pro Hero numéro un du Japon, Izuku "Deku" Midoriya est accusé d'un crime qu'il n'a pas commis. Impliquant involontairement Roddy Soul, un habitant de la région, Deku se retrouve bientôt en fuite avec le garçon. C'est maintenant à Rody, Deku et les camarades de classe de Deku d'arrêter le complot de la Trigger Bomb mis en place par Flect, tout en échappant aux autres membres persistants de Humarise.